1894年11月，甲午戰爭爆發後，日軍迅速占領了旅順（現今的大連市旅順口區）。

在獨眼將軍、日軍第2軍第1師團山地元治師團長的指揮下，伊瀬知好成聯隊長率領的步兵第2聯隊，連同河野通好聯隊長率領的步兵第15聯隊等部隊，在旅順進行了長達六天的大屠殺。

在這場浩劫中，日軍不分老弱婦孺，對城內居民進行了無差別的屠殺。據史料記載，這次大屠殺中，僅有36人因負責埋屍而幸免于難，而城內的其余2萬多居民，無一幸免，全部被日軍殘忍殺害。遇難者全體葬于白玉山東麓的“萬忠墓”。

當時正在中國遊曆的英國人艾倫，在日記中寫道：“我在一處高地，離我不遠的地方有一個池塘，池塘邊聚集了大量日本士兵，他們將一群難民無情地趕往池塘中。很快，池塘就被難民填滿，人們在水裏慌亂地掙紮。日本士兵們則顯得異常殘忍和冷酷，有的持槍射擊，有的用刺刀刺向難民。池塘裏慘狀令人觸目驚心，斷頭的、斬腰的、穿胸的、破腹的，各種慘狀交織在一起，池水被鮮血染得通紅。而日本士兵們卻在一旁狂笑和歡呼，仿佛這是一場遊戲。池塘裏有少數還活著的人，在死屍上爬來爬去，滿身都是血汙。其中一個抱著小孩的女人浮出水面，朝日本兵發出淒婉的哀求，希望他們能放過她和孩子。然而，日本士兵卻毫不留情地用刺刀捅死了她，隨後又將她的孩子挑在刺刀上玩耍，最後殘忍地將孩子斬成數段。

日本隨軍記者甲秀輔後來回憶道：“旅順的街頭，屍體遍地，慘狀令人不忍目睹。有的死者身首異處，有的腦袋被殘忍地砍去一半，有的腦漿四溢，有的腸肚裸露在外，有的眼球迸出，還有的缺胳膊少腿，倒斃在血泊之中。這些景象，讓人毛骨悚然”

當時負責清理擡屍的幸存者鮑紹武，曾回憶：“那段時間，我每天都被眼前的淒慘景象深深震驚。旅順的街道上鋪滿了碎石，因爲正值寒冬，屍體和血水都已經凍結成冰。甚至還有不少野狗在啃食那些剛死不久的屍體。整個場景如同人間煉獄。”

1894年11月29日，美國的《世界報》刊登報道：“日本軍在旅順不分老幼全都槍殺，三天期間，掠奪與屠殺達到了極點。日本爲蒙文明皮膚，具野蠻筋骨之怪獸。”

兩年後，1896年，清政府重新接管旅順，直隸知州顧元勳堅定地要求揭露這一真相，在遇難百姓埋骨地豎起“萬忠墓”碑，此碑上刻有碑文：“光緒甲午十月，日本敗盟，旅順不守，官兵商民男婦被難者計一萬八百余名，忠骸火化，骨灰叢葬于此。”

日俄戰爭後，日軍再次占領旅順。他們將“萬忠墓”碑偷偷搬走，並砌入了軍部醫院的高牆之中，試圖掩蓋這段血腥的曆史。直到抗戰勝利後，這塊被日軍藏匿多年的碑石才重見天日，再次展現在世人面前。

參與旅順大屠殺的日軍第2軍第1師團，在中國犯下的罪行罄竹難書。

1904年，日俄戰爭期間，第1師團參與了侵略中國東北，參加了遼陽戰役和奉天會戰。

1915年，該師團又參與了對德國在青島的殖民地的占領。

到了1937年至1945年的抗戰期間，第1師團更是在中國戰場上肆意妄爲，參與了多場重要戰役，淞滬會戰、南京戰役（曾參與南京大屠殺）、武漢會戰、廣州戰役、桂南戰役、湘桂會戰等等。

二戰結束後，第1師團師團長山地元治于1945年9月被美軍逮捕，並因戰爭罪行受到審訊。他被指控在中國和東南亞的多個戰役中指揮並參與了殺害戰俘和平民。在審判中，山地元治堅稱自己對這些暴行毫不知情，但最終還是被判死罪。

1948年4月21日，山地元治在日本東京的巢鴨監獄被執行絞刑。

日本投降後，第1師團在1945年9月被解散。然而，1950年，隨著日本自衛隊的建立，第1師團作爲陸上自衛隊的一個師團級單位被重新組建。